由于多年來在農業種植業的生產過程中，長期不合理地增施、使用無機肥料，少施或不施用有機肥料，已使我們賴以生存的耕地的生產能力嚴重下降。全國土壤普查結果表明：目前我國很大部分的農用耕地土壤中的有機質含量已低于警戒線，土地大面積出現嚴重板結,土壤肥力已亮紅燈。
　　
為此中央高度重視,在今年的中央一號文件中再次明確提出：“科學施用化肥，引導增施有機肥，全面提升地力”。
有機肥種類很多：其中最大項是畜禽糞尿與作物秸稈,還有綠肥、餅粕、草木灰、污泥、生活垃圾與污水等等，畜禽糞尿除少量用于燃料與工業原料外，大部分可用于有機肥，畜禽糞尿發酵處理直接施用。    
南方常見的有機肥主要是畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥，畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥有很多優點也存在弊端。長期以來，廣大農業生產用戶都只注意它的優點而忽略了畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥的弊端，導致出現了很多問題，產生較大經濟損失也不知到是什么原因造成的，長期大量使用畜禽糞肥對環境和農產品質量都會造成威脅，還可能對人體健康或其它生物產生潛在威脅。所以在施用時一定要特別注意其對土壤和作物的不利影響，降低有機肥使用中的安全隱患。下面主要為廣大農民朋友介紹畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥的弊端與優勢，以供參考。
　　
一、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥的弊端
南方常見的畜禽糞肥是雞、鴨、鵝糞和白鴿糞或以雞、鴨、鵝糞和白鴿糞為主要原料的有機肥。
　　
畜禽糞肥在不同程度上對作物及土壤都會造成不良的影響，為了使廣大農友加深對雞、鴨、鵝糞和白鴿糞或以雞、鴨、鵝糞和白鴿糞為主要原料的有機肥的認識，并進一步更好的選擇有機肥品種和掌握有機肥的施用方法，降低有機肥使用中的安全隱患。現就畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥的弊端概述如下：
1、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥含鹽分較重、易使土壤鹽化，升高土壤鹽濃度，提高營養元素對農作物的肥效臨界點，增大施肥量。嚴重時會導致種子不發芽、燒苗、燒根；
2、畜禽糞肥的氮是以尿酸形態氮為主，尿酸鹽不能直接被作物吸收利用，它在土壤中分解時消耗大量的氧氣，釋放出二氧化碳氣，故易傷害作物根部；
3、畜禽糞肥中可以檢出芽胞桿菌屬、大腸桿菌以及十多個屬的真菌和一些寄生蟲等，自身帶較多病菌、蟲卵，還易引病蟲害；
4、部分畜禽糞肥存在著微量元素含量超標的問題。在畜禽飼料中，由于大量添加銅、鐵、鋅、錳、鈷、硒和碘等微量元素，使得許多未被畜禽吸收的微量元素積累在畜禽糞便中。根據有關單位調查，一些大中型畜禽養殖場所使用的飼料中，重金屬污染比較嚴重，銅、鋅、鉻、鉛和鎘的含量普遍超過國家飼料衛生標準或無公害生產飼料標準，尤其砷和汞等毒害元素也個別超標；
5、大部分畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥呈酸性，易生病菌，須用石灰中和，致土壤板結；
6、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥肥性較熱，在高溫天氣使用，易燒苗燒根；
7、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥需要堆漚腐熟后使用、人工多，周期長；
8、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥因雜質較多，純度偏差極大，含量極不穩定，無法保證施用養分含量及效果。
此外，由于管理不善，肥料用量和施用方法不當等因素都會不可避免的造成土壤、空氣的污染，而危害人體健康，形成很大的負面影響。主要表現為：
其一、畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥中的芽胞桿菌屬、大腸桿菌以及十多個屬的真菌和一些寄生蟲等病菌隨植物殘體以有機肥方式施入土壤或經雨水沖洗進入土壤，傳染給作物，造成對土壤的生物污染及人、畜身體健康的影響；
其二、畜禽糞肥中的微量元素含量超標的問題，尤其銅、砷和汞等毒害元素也個別超標，造成對土壤的重金屬污染，導致蔬菜、水果重金屬含量超標，對綠色食品安全造成威脅。
其三、畜禽糞肥中的硫化氫等有害氣體揮發產生惡臭，造成空氣環境污染。
其四、畜禽糞肥中的鹽分使土壤鹽化，造成土壤可耕作性能退化。
為此，畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥施用必須特別注意，不管施用畜禽糞肥還是畜禽糞肥為主要原料的有機肥，施用不當或濫施均會對作物、土壤及環境產生不良影響，應加深對其認識，及早做好預防及補救措施。下面以雞糞及豬糞為例分別說明施用畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥對作物及土壤的不利之處。
（1）新鮮雞糞中的氮主要為尿酸鹽類，這種鹽類不易被作物直接吸收利用，而且對作物根系的生長有害。因此，該類糞肥施用前應先堆積發酵腐熟方可施用。雞糞發酵溫度高，易傷植物幼根，新鮮糞便一般不宜直接施用，需加入污水或與其它有機肥料作堆肥混合堆積，經過堆漚充分腐熟后才能施用。尤其要注意的是，由于雞飼料中的添加劑含激素成份很高，應該通過堆制進行脫激素處理；同時，雞糞尿中易帶有蛔蟲卵，因此需要通過也需要堆制40天左右進行殺滅。所以，建議禽糞在常溫下堆制60天，可安全用于無污染蔬菜生產，但冬季堆漚由于氣溫低，比夏秋季堆漚時間要延長２個月。此外，還要提醒農友們注意的是，施用雞糞時宜與土充分混勻，不宜施得太厚，以免傷根；雞糞施入要均勻，只有這樣才能使植株長勢勻一，便于管理；定植時根系千萬不能與雞糞直接接觸，當排水溝土培上畦背時，最好有10~20厘米的隔離層。（2）豬糞中也含有蛔蟲卵，且需要50天左右才能對其進行殺滅；其添加劑中激素成分也很高，亦需通過堆制進行脫激素處理，牛糞堆漚則需２０天以上，因此，建議農民朋友施用畜糞肥前應在常溫下堆制60天，即可安全用于無污染蔬菜生產，但在冬季堆漚由于氣溫低，比夏秋季堆漚時間要延長２個月。
二、有機肥的優勢
當然，有機肥原料畜禽糞肥經過腐熟后得到的有機肥產品與普通化肥相比仍然具有其獨特優勢。現就常見的農用有機肥的優勢分述如下：
1、養分齊全，促進作物增產增收：有機肥由于含有豐富的有機質，可以全面提供作物氮磷鉀及多種中微量元素，大幅度提高農產品的品質，施用后瓜菜甜，米飯香，而且可以有效改善土壤理化性狀，疏松土壤，增強土壤透氣性，大幅提高地力。生物有機肥成分中含有如固氮菌、解磷菌、解鉀菌等，施用后可轉化土壤中的營養物質為作物所用，源源不斷給作物供應養分。
2、生物活性物質豐富，可促進作物生長：有機肥的施用會使大量有益活性菌迅速繁殖，可有效抑制有害微生物的生長，同時產生多種酶，促進作物健壯生長，增強作物的抗逆和抗病蟲害能力，減少農藥施用量，緩解連作障礙。
3、改善地力，推動循環農業發展：大量有益活性菌直接參與土壤物質和能量轉化、腐殖質形成和分解等過程，對土壤團粒結構起到膠粘作用，有效改善土壤物理性狀，增強土壤的透氣、保水、保肥能力，防止土壤板結和酸化，培肥地力，提高肥料利用率，降低施肥成本，使土地實現良性循環。
鑒于有機肥原料存在上述優缺點，建議農友們在使用這些有機肥時一定要做到充分腐熟，如果條件允許最好選用當前市面上比較有信譽的大規模工業化生產的商品有機肥。