一、皮部出現的生物病害
　　
　　1、裂果
　　
　　癥狀與病因果實接近成熟時，在果蒂附近發生放射狀裂痕，果肩部出現同心圓狀的龜裂。這是由于果實的肩部受到陽光直射而造成老化，加之室內溫度較高，致使果皮和果肉迅速膨大所致。另外，土壤中缺少鈣和硼也會引起老化，造成裂果。
　　
　　防治方法在定植時，將番茄的花序安排在畦內側，壟向由南向北，這樣葉片可對果實起到遮蔭作用，并且通風透光好；加強管理，經常保持室內適宜的溫濕度，防止室內高溫低濕；同時還要及時補充鈣肥和硼肥，捉使植株健壯生長。
　　
　　
　　
　　2、臍腐果
　　
　　癥狀與病因在花朵脫落處變成油浸狀，臍部逐步變成褐色凹陷，果實早熟變紅。水分供應失常是誘發此病的主要原因。缺鈣或鈣吸收不良時，一方面會造成植株體內草酸增多，另一方面使臍部細胞生理紊亂，也會造成蒂腐發生。
　　
　　防治方法在加強水肥管理的同時，開花期可用濃度10g/kg的過磷酸鈣或1一5g/kg的氯化鈣溶液噴灑葉面，增加植株對鈣的吸收。可通過摘心葉，促使植株吸收的鈣轉入到果實中去；由于果實間對鈣的吸收有競爭性，應避免植株結果太多。同時要防止土壤干燥，多鉀高濕的環境也不利于植株對鈣的吸收。
　　
　3、著色不良果
　　
　　癥狀與病因番茄著色是由于葉綠素分解形成茄紅素的緣故，光照不足只能使果實著色緩慢，而不是著色不好。如果氮肥過多，葉綠素就會增多，分解形成茄紅素的過程就會推遲，使果實著色不好。但在氮、鉀肥少時，葉綠素分解形成茄紅素的過程也會受到影響，使果實著色不良。溫度也是影響著色不良的原因，高溫還會導致著色不良，形成黃色果實。
　　
　　防治方法在合理施用氮、鋅肥的同時，要保持室內適宜的溫度，一般在果實膨大前期夜間溫度不能低于5--10℃，果實膨大的后期是著色期，氣溫必須在15℃左右。
　　
　　二、果形上的生理病害
　　
　　1、尖頭果
　　
　　癥狀與病因在使用植物生長激素時濃度過高或進行浸花、噴花等處理方法不當時容易形成尖頭果，心室較多的番茄品種發病較重。
　　
　　防治方法在使用植物生長激素時要掌握好溶液濃度，一般2，4-D為l0--20mg/kg，番茄靈為25--50mg/kg，番茄豐產劑為l0ml加水稀釋50一70倍。但在生產中應盡量少用2,4-D處理，而使用番茄靈可有效地防止尖頭果的發生。
　　
　2、畸形果
　　
　　癥狀與病因一般心室較多的番茄品種易發生畸形果，氮肥和磷肥過多而硼和鈣含量過少時也易產生多心室的畸形果，其中橢圓形、偏心形和菊形果的產生與缺鈣和缺硼有關。夜間高溫高濕更能促進畸形果的發生，低溫也會造成果形的變化。
　　
　　防治方法定植前要施足充分腐熟的有機肥，保證土壤中鈣和硼元素的含量，避兔土壤中水分發生急劇變化，夜間氣溫要保持在15℃左右。另外，用生長激素溶液涂抹初開花的花柄，也可防止畸形果的產生。
　　
　　3、頂裂果
　　
　　癥狀與病因一般在花柱痕跡的中心處開裂。心室較多的果實易發生頂裂果，其發生還與鈣有關。另外，夜間低溫、白天35℃以上的高溫也會加速頂裂果的形成。
　　
　　防治方法注意合理施肥，少施氮、磷肥，補施鈣、鉀肥；加強溫濕度的管理，及時中耕除草，夜間溫度保持在10--15℃，白天溫度最高不能超過28℃，可有效地預防番茄頂裂果的發生。
　　
　　三、果實內部出現的生理病害
　　
　1、空洞果
　　
　　癥狀與病因花芽發育過程中的高溫和日照不足，常使花粉不成熟、受精不良，種子形成時產生的果酸較少，此時會形成空洞果。果肉部與果腔部發育速度相差過大而使二者之間出現空隙，也會形成空洞果。生長激素濃度過高、處理過早及水肥供應不足、營養物質供應不良時，也易產生空洞果。同一花序中遲開花形成的果實，易形成空洞果。
　　
　　防治方法促進植株旺盛生長，使果實能得到充足的養分，可減少空洞果的發生。在同一花序上對同時開放的3一4朵花用生長激素進行處理。
　　
　2、酸漿果
　　
　　癥狀與病因在花期溫度、光照不良時，對本來要落的花用生長素處理后雖能勉強結果，但養分供應不足，致使產生酸漿果。生長素處理濃度過大或重復處理也會形成酸漿果。

      防治方法在加強水肥管理的同時，要特別注意生長素處理的濃度，2，4-D用量一般為10一20mg/kg。在涂抹藥液時為防重蘸，藥液中應加紅色或墨汁以示標記。