土壤是蔬菜優質高產最重要的物質基礎。一旦土壤結構、土壤耕作層遭到破壞，土壤惡化，種植蔬菜就如無本之木、無源之水，不僅蔬菜難以獲得高產，而且會降低棚室的使用壽命。現階段許多菜農對于蔬菜的病蟲害都開始注意了，也開始引進先進的管理技術，而對土壤惡化現象沒有足夠的重視。由此可以肯定，即使管理技術再高，病蟲害防治再及時，但失去了土壤這個基礎保障，棚室蔬菜仍然難以獲取高產高效。因此說，只有重視土壤的保護，避免土壤惡化，棚室蔬菜才能高產高效，蔬菜棚室才能可持續利用。
土壤惡化主要體現在土壤板結、鹽漬化加重，微量元素缺乏，土壤菌群失調，土壤結構破壞等方面。
一、土壤板結、鹽漬化加重
在我們大部分的菜區，都存在長期大量不合理施用化學肥料的現象，不但底肥化肥使用量大，而且追肥也是大量使用，甚至有的菜農只要澆水，肯定往地里面追肥，從來不會澆空水，這樣就使的土壤團粒結構破壞嚴重，透氣性降低，從而造成土壤板結。土壤板結對蔬菜的危害一是根系下扎困難，扎不下去;二是即使根系能扎下去，也會因土壤含氧量過低，根系得不到呼吸，出現漚根的現象。同時大量化肥的使用更加重了土壤的鹽漬化，土壤鹽害有輕重之分，初期地面有清霜而后發展到綠皮“青苔”，棚室內蔬菜尚為正常;中度時地面出現許多塊狀的紅色膠狀物，干后變為“紅霜”，棚室內蔬菜生長到中期出現點片萎蔫;土壤鹽分過重時地面出現白色結晶“鹽霜”，棚室內蔬菜定植后根系特別少，后期死秧加重。
二、土壤菌群失調
土壤中微生物種類特別多，也就是咱們菜農們說的生物菌。正常來說，這些生物菌有一部分是有益菌，在土壤中起比較好的作用，改良根系生長的環境;還有一部分菌屬于有害菌，包括病原菌和一些減產菌等，這些菌會引起許多的土傳病害，輕的造成死秧、死苗，嚴重的直接導致減產。隨著種植時間的延長，土壤中病菌的數量越來越多，而有益菌是咱們菜農不知道補充的，這就導致了土壤菌群的失調，即土壤中病原菌太多了，有益菌太少了。也是為什么同樣的種植管理水平，老棚室的產量沒有新棚室產量高的原因。而且咱們菜農朋友們也都知道了菜田種幾年之后地里病菌多了，但怎么解決卻沒有辦法，只是在蔬菜種植前，往地里面撒施點多菌靈、甲托或是敵克松之類的殺菌劑，來解決解決心理問題，但改變不了實質性的問題。

三、微量元素缺乏
連作是蔬菜種植的普遍現象，然而連年種植蔬菜容易造成土壤養分的偏耗，特別是硼、鋅、鐵等微量元素，而生產中咱們菜農只知道往地里面施氮磷鉀肥，沒有使用微量元素的習慣，就是用也不知道用什么樣的，往往花了錢起不到理想的效果，很多是無效的，因此菜田得不到及時補充，致使土壤中微量元素日漸減少，由此引發的缺素癥越來越嚴重，這些生理性的缺素癥也大大影響了蔬菜的生長發育，產量減少、品質下降。

四、土壤團粒結構破壞
土壤團粒結構是由若干土壤單粒粘結在一起形成為團聚體的一種土壤結構。因為單粒間形成小孔隙、團聚體間形成大孔隙，所以與單粒結構相比較，其總孔隙度較大。小孔隙能保持水分，大孔隙則保持通氣，團粒結構土壤能保證植物根的良好生長，適于作物栽培。土壤團粒結構在一定程度上標志著土壤肥力的水平和利用價值。但這種結構特別的不穩定，無論是澆水還是施肥，都會造成團粒結構的破壞。尤其是不合理的澆水，次數多、水量大，不但更加重了土壤結構破壞，還會使地溫下降、棚室內濕度上升，從而也加重了病害的發生。